Was versteht man unter Strukturbereinigung?
Der Begriff „Strukturbereinigung“ bezieht sich auf den Prozess der Korrektur, Standardisierung und Optimierung von molekularen Strukturen, um sicherzustellen, dass sie den erforderlichen chemischen und formalen Standards entsprechen. Diese Bereinigung ist oft notwendig, um fehlerhafte oder unvollständige Strukturen zu korrigieren, um Analysen, Simulationen oder andere chemische Berechnungen präzise und zuverlässig durchzuführen.
Typische Softwarefunktionen im Bereich "Strukturbereinigung":
- Erkennung und Korrektur von Strukturfehlern: Identifizierung und Behebung von ungültigen Bindungen, fehlenden Atomen oder unphysikalischen Geometrien.
- Normierung von chemischen Strukturen: Anpassung der Strukturen an Standardkonventionen, wie z. B. die korrekte Darstellung von Aromaten oder Tautomeren.
- Optimierung der Geometrie: Verbesserung der dreidimensionalen Geometrie des Moleküls, um energetisch günstigere Konformationen zu erreichen.
- Überprüfung der Elektronenanzahl: Sicherstellung, dass alle Atome die korrekte Anzahl von Elektronen gemäß ihrer Valenz besitzen.
- Fehlende Atome oder Bindungen ergänzen: Automatisches Hinzufügen von fehlenden Wasserstoffatomen oder anderen Bindungen, um die Struktur zu vervollständigen.
- Konfigurationsvalidierung: Überprüfung und Korrektur von stereochemischen Konfigurationen (z. B. Chiralität).
- Konvertierung von Formaten: Umwandlung der Struktur in verschiedene Dateiformate oder Notationen, z. B. von 2D zu 3D.